Instituída pela Lei Delegada nº 119, a Secretaria de Cidades e de Integração Regional (Secir) é resultado da fusão da antiga Secretaria de Estado de Habitação e Desenvolvimento Urbano com a Secretaria de Estado de Assuntos Municipais, e ainda com unidades administrativas da Secretaria de Estado de Transporte e Obras Públicas e da antiga Secretaria de Estado do Planejamento, responsáveis, respectivamente, à época, pela formulação e implementação de políticas públicas nas áreas de saneamento ambiental e de assuntos metropolitanos.

Sua estrutura organizacional comporta duas subsecretarias, a de Desenvolvimento Regional e Urbano e a de Desenvolvimento Metropolitano, às quais compete a execução dos principais projetos e programas da secretaria. Compõe-se, ainda, de sete superintendências: Desenvolvimento Regional; Habitação de Interesse Social; Saneamento Ambiental; Associativismo Municipal; Intermediação para Assuntos Metropolitanos; Apoio à Gestão do Solo Metropolitano; e Planejamento, Gestão e Finanças.

Integram-se também à estrutura da Secir duas empresas de grande porte e de importância estratégica para o Estado, a Companhia de Saneamento de Minas Gerais (Copasa) e a Companhia de Habitação do Estado de Minas Gerais (Cohab), a Agência Reguladora de Serviços de Abastecimento de Água e Esgotamento Sanitário (Arsae) que regula os serviços de Saneamento no Estado e as Agências de Desenvolvimento das Regiões Metropolitanas de Belo Horizonte (ARMBH) e do Vale do Aço (ARMVA).